微生物肥料的功效與營銷元素的來源，有效性，與作物吸收營養(yǎng)，水分和抗病蟲有關(guān)。它利用微生物的生命活動來增加土壤中的氮素或有機磷，鉀的含量，將土壤中一些作物不能直接利用的物質(zhì)轉(zhuǎn)換成可悲吸收利用的營養(yǎng)物質(zhì)，或提高作物生長刺激物質(zhì)，抑制植物病原菌的活性，從而提高土壤肥力，改善作物的營養(yǎng)條件，提高作物產(chǎn)量，期主要功能有以下幾方面。

一．增加土壤肥力

這是微生物肥料的主要功效之一，各種自主，聯(lián)合或共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源，其中多種溶磷，解鉀的微生物，如一些芽孢桿菌，假單胞菌將土壤中難溶的磷鉀分解出來，轉(zhuǎn)變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧租浕衔铩?/span>

二．協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng)

微生物肥料中最重要的品質(zhì)之一是根瘤菌肥料，肥料中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在根上形成根瘤。根瘤菌類菌體利用豆科植物宿主提高的能力將空氣中的氮轉(zhuǎn)化為氨，進而轉(zhuǎn)化成谷氨酸和谷氨酰胺類等植物能吸收利用的優(yōu)質(zhì)氮素。

AM真菌是一種土壤真菌，它與多種植物根系共生，其菌絲可以吸收更多的營養(yǎng)供給植物吸收利用，其中已對磷的吸收最明顯。研究發(fā)現(xiàn)，AM真菌對土壤中活動性，移動緩慢的元素如鋅，銅等元素也有加強吸收的作用。除此之外，許多用作微生物肥料生產(chǎn)的微生物種類還產(chǎn)生大量的植物生長激素，能夠刺激和調(diào)節(jié)作物生長，時期生長健壯，營養(yǎng)狀況改善。

三．增強植物抗病蟲和抗旱能力

20多年來對有有益微生物研究得比較多的是植物根圈促生細菌的細菌群體，減產(chǎn)PGPR，包括了好多科的多種細菌，由于這個類群的作用是多種多樣的，在國內(nèi)外的生產(chǎn)中也開始應(yīng)用，有些表現(xiàn)出廣闊的應(yīng)用前景，收到許多國家的重視。

四．減少化肥的施用量和提高作物品質(zhì)

國外許多研究者在根瘤菌的應(yīng)用研究中，常常在田間試驗中設(shè)立減少氮素化肥的對照區(qū)，用以說明使用根瘤菌以后由于固氮而相當于減少氮素化肥施用量的多少，不同的菌株施用后，減少氮肥施用量不同，表面了菌株之間在固氮效率上的不同。許多研究證明，施用微生物肥料后對提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，如蛋白質(zhì)，糖，維生素等的含量有一定作用。