生物有機(jī)肥料的特殊作用是依靠具有特殊功能微生物菌種的“特殊功能”來實(shí)現(xiàn)的，而這種特殊功能主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：促進(jìn)植物生長(zhǎng)、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率、提高植物抗旱、修復(fù)土壤、降解農(nóng)藥等。

一、促進(jìn)植物生長(zhǎng)作用主要是通過功能菌在植物根部定植、生活并發(fā)揮作用。這種作用是通過功能菌產(chǎn)生促進(jìn)植物生長(zhǎng)的物質(zhì)體現(xiàn)的，有別于在生物有機(jī)肥料中添加激素的作用。

二、提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用。這類菌種作用于病原菌的方式主要有三種：1.拮抗作用。產(chǎn)生拮抗物質(zhì)直接抑制病原菌生長(zhǎng)。2.競(jìng)爭(zhēng)作用。從營(yíng)養(yǎng)吸收利用等方面抑制病原菌生長(zhǎng)，一般情況下這種菌種生長(zhǎng)速度很快。3.寄生作用。以病原菌為寄生，直接寄生在病原菌身上導(dǎo)致病原死亡。這三種抗病防病作用方式常常是交叉的。

三、提高肥料利用率在目前生物有機(jī)肥市場(chǎng)中被宣傳得較多，主要有固氮、解鉀、活磷等作用。固氮作用主要有三類：1.共生固氮。以根瘤菌為主，菌種寄主有專一性，固氮能力很強(qiáng)，主要在豆科植物上共生固氮。但是由于這一類菌種均為革蘭氏陰性細(xì)菌，不利于保存，作為產(chǎn)品進(jìn)行貨架銷售比較困難，所以一般是拿到菌種即拌種使用。2.自生固氮作用。菌種在田間表現(xiàn)為不固氮或固氮能力很小。3.聯(lián)合固氮。菌種相對(duì)專一，能力較強(qiáng)。

四、保水抗旱、土壤修復(fù)、降解農(nóng)藥等功能。對(duì)這類生物有機(jī)肥功能的宣傳比較少，主要因?yàn)榻?jīng)銷商和農(nóng)民對(duì)這方面功能的關(guān)注度比較低，生產(chǎn)商通過宣傳這類功能來吸引消費(fèi)者的可能性較小，所以市場(chǎng)上不多見。

通過以上分析可以看出，生物有機(jī)肥的特殊功能主要集中在三方面：促進(jìn)植物生長(zhǎng)、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率。