目前現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的生產(chǎn)都追求高質(zhì)高產(chǎn)，為了能夠達(dá)到這一目的，農(nóng)藥、生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑、除草劑等化學(xué)品大量使用，使生態(tài)環(huán)境問題遭到破壞，也使農(nóng)業(yè)區(qū)域及其邊緣自然植被、水體等也同樣遭受破壞，其中對(duì)生物多樣性的影響更為重要，生物多樣性迅速降低。
　　農(nóng)藥在現(xiàn)代農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中廣泛使用，對(duì)于消滅農(nóng)業(yè)病蟲害有著重要作用，但是另一方面，一些高毒、劇毒、高殘留、廣譜性農(nóng)藥如甲胺磷、久效磷、對(duì)硫磷、甲基對(duì)硫磷、樂果、氧化樂果、磷胺、吠喃丹等在許多國(guó)家已被禁用、限用或列入PIC公約(關(guān)于在國(guó)際貿(mào)易中對(duì)某些危險(xiǎn)化學(xué)品和農(nóng)藥采用事先知情同意程序的鹿特丹公約)中的農(nóng)藥，可是很多地區(qū)仍在大面積使用。這些高毒、高殘留、廣譜性農(nóng)藥的使用造成了嚴(yán)重的生態(tài)污染問題。在農(nóng)田噴灑的農(nóng)藥中，真正對(duì)病蟲害起到防治作用的農(nóng)藥僅占很小的一部分，其余的都揮發(fā)到大氣或淋溶流失到土壤和水域中或殘留于作物中，對(duì)生物多樣性產(chǎn)生了很大的影響。大量使用的殺蟲劑具有廣譜殺蟲活性，導(dǎo)致大部分無害的或有益的昆蟲種群下降或遭受破害，而害蟲沒有得到有效的消滅，使農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)部種群趨于單一。農(nóng)藥還能殺害生活在土壤中的某些無脊椎動(dòng)物，使其數(shù)量減少，甚至種群瀕臨滅絕。由于農(nóng)藥大多具有性質(zhì)穩(wěn)定、殘效期長(zhǎng)、富集性強(qiáng)的特性，在土壤中難以降解，對(duì)土壤微生物有一定的影響，進(jìn)而直接地或間接地、抑制地或促進(jìn)地、暫時(shí)地或持久地對(duì)土壤肥力、植物生長(zhǎng)發(fā)育和植物病理產(chǎn)生影響。如除草劑能抑制共生固氮作用；使用化學(xué)除草劑，能減少農(nóng)田雜草種類，同時(shí)使雜草優(yōu)勢(shì)種發(fā)生變更。長(zhǎng)期使用除草劑使植物多樣性明顯減少，雜草群落結(jié)構(gòu)發(fā)生變化，從而也增加了雜草防治的難度。而且這些農(nóng)藥大量地、長(zhǎng)期地存在于土壤中，滲透到植物角質(zhì)層或組織內(nèi)部，在植物體內(nèi)輸導(dǎo)，殘留于枝、葉、果部位，抑制或破壞植物正常生長(zhǎng)發(fā)育，直接影響植物的生理代謝，產(chǎn)生不同程度的藥害。
　　農(nóng)藥的使用使農(nóng)田昆蟲種類減少，使雜草與動(dòng)物種數(shù)發(fā)生變化，進(jìn)而影響到鳥類的生存，降低了生物多樣性。對(duì)于鳥類來說，昆蟲是十分重要的食物。由于食物鏈的關(guān)系，農(nóng)藥會(huì)在鳥類體內(nèi)蓄積，在達(dá)到一定程度后，會(huì)導(dǎo)致鳥類死亡，使鳥類繁殖出現(xiàn)問題。另一點(diǎn)，由于農(nóng)藥的使用改變了植物群落結(jié)構(gòu)，雜草和生活于其中的昆蟲減少，某些鳥類用于覆蓋鳥巢的雜草不足，導(dǎo)致無法繁育后代，而且捕食變得困難，使鳥類的繁殖、捕食和種群動(dòng)態(tài)受到嚴(yán)重影響。
　　農(nóng)業(yè)廢水污染水體系統(tǒng)。大量的殺蟲劑和化肥中的磷、氮進(jìn)入水體，使水體富營(yíng)養(yǎng)化，嚴(yán)重影響水生生物。建議多使用低毒無殘留的生物農(nóng)藥，保護(hù)好生態(tài)環(huán)境。