稻瘟病、水稻二化螟、稻粒黑粉病、稻飛虱、稻薊馬、紋枯病是雜交制種水稻的主要病蟲害。其中：稻瘟病、二化螟、稻粒黑粉病危害重，防治難度大，防治技術性強。若防治上稍有閃失，損失十分嚴重。中國農藥網小編，提出如下制種水稻病蟲綜合防治技術。
　　一、實施浸種技術，減輕秧田病害發(fā)生
　　用25%使百克2000倍液浸種24小時，可有效預防或減輕稻瘟病、惡苗病、立枯病等病害的發(fā)生。
　　二、秧田期病蟲防治方法秧田期主要防治爛秧，稻薊馬、一代化螟、稻瘟病等病蟲。
　　1、防治爛秧死苗的方法。在發(fā)病初期或寒潮到來前用95%綠亨1號5克加萬佳豐8毫升，兌水15公斤噴霧，防治效果好。
　　2、稻薊馬防治方法。當秧苗葉尖初卷時，用20%百福靈4克，兌水12公斤噴霧。
　　3、一代螟蟲防治方法。在5月20日－25日，用30%植求40毫升，兌水15公斤手動噴霧。
　　4、秧田期葉瘟防治方法。在4月下旬或發(fā)病初期，用40%特瘟殺40毫升兌水10公斤手動噴霧，在秧苗移栽前3天，用75%瘟福20克，兌水15公斤手動噴霧。
　　三、本田期病蟲防治方法1、稻瘟病防治方法。在葉瘟發(fā)生初期，畝用40%特瘟殺85毫升加75%瘟福20克，在破口初期和齊穗期，畝用農藥40%特瘟殺85毫升加75%瘟福20克，兌水40－45公斤手動噴霧，或兌水10公斤機動噴霧。
　　2、水稻螟蟲防治方法。在5月25日至6月5日或移栽后5天，畝用80%銳勁特2克加30%植求50毫升，兌水30公斤手動噴霧。在水稻破口初期，畝用30%植求100毫升，兌水40—45公斤手動噴霧。
　　3、紋枯病防治方法。在7月上、中旬或破口初期，畝用20%井崗霉素粉45克，兌水40－45公斤手動噴霧，或兌水10公斤機動噴霧。
　　4、稻飛虱防治方法。在7月上、中旬或水稻破口期，畝用20%百福靈12克兌水45公斤手動噴霧，或兌水10公斤機動噴霧。
　　四、稻田雜草防除方法在秧苗移栽大田后5－7天，畝用53%拋秧星30克加芐磺隆15克，拌細土15公斤撒施，施藥后保持淺水層3－5天.
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