被提及最多的是不同部門之間、中央和地方的利益協(xié)調(diào)問題。養(yǎng)路費現(xiàn)在由交通路政部門負責(zé)，改成燃油稅后，稅收自然要劃入國家稅務(wù)部門。要實施燃油稅，首先要妥善解決這兩個部門之間的利益協(xié)調(diào)問題。另外，現(xiàn)有養(yǎng)路費征收人員如何安置，也是一個問題。
按照我國公路建設(shè)“誰建設(shè)、誰維護、誰收費”的指導(dǎo)方針，地方政府投資興建的路橋，所收費用基本納入地方政府財政。改成燃油稅后，一些原本由地方政府收繳的費用將直接收歸中央，勢必影響地方政府利益，也會影響投資者的投資回報。地方政府將面臨現(xiàn)有公路養(yǎng)護、交通基礎(chǔ)設(shè)施及新增道路建設(shè)的問題。
其次是不同行業(yè)間的用油平衡問題。雖然汽車行業(yè)是用油大戶，但是農(nóng)業(yè)、船舶、航空、建筑工地車輛、發(fā)電及其他非公路運輸車輛的用油問題也不能忽視。開征燃油稅將給這些行業(yè)帶來一定壓力。尤其是農(nóng)機行業(yè)，現(xiàn)在對于農(nóng)用車是不收過路、過橋費的，實施燃油稅后如何照顧農(nóng)民利益，是否會引發(fā)相關(guān)投機行為，這些問題也需要解決。
第三大難題來自征收環(huán)節(jié)。關(guān)于燃油稅在工業(yè)生產(chǎn)環(huán)節(jié)上征收還是在銷售環(huán)節(jié)上征收，業(yè)內(nèi)一直存在爭論。在生產(chǎn)環(huán)節(jié)征收，國內(nèi)油價比國際油價高，容易導(dǎo)致非法走私更加猖獗；從銷售環(huán)節(jié)征收，全國有10多萬個加油站，管理成本巨大，容易產(chǎn)生腐敗和偷稅漏稅等問題。
盡管10年難產(chǎn)，各方專家尤其是汽車行業(yè)的專家還是不斷呼吁盡快出臺燃油稅，原因在于燃油稅對于我國汽車行業(yè)的健康發(fā)展至關(guān)重要。實施燃油稅后，多用油就多繳稅，體現(xiàn)了公平原則，可以抑制公路亂收費，還可以引導(dǎo)公眾節(jié)能。
現(xiàn)在我國已是全球第二大汽車市場，而汽車的家庭普及率還比較低。隨著汽車大規(guī)模進入家庭，我國的汽車保有量還將有相當(dāng)可觀的增長。相應(yīng)地，對于石油的需求也會隨之增加，環(huán)境的壓力也會加大。因此，我國的汽車行業(yè)必須走環(huán)保節(jié)能的道路，在保證國家能源安全、環(huán)境友好的前提下滿足人們?nèi)找嬖鲩L的汽車消費需求。燃油稅無疑是推動汽車行業(yè)向環(huán)保節(jié)能方向發(fā)展的一個重要手段。
