受二輪延包時(shí)歷史條件制約和相關(guān)制度不完善等多種因素影響，已進(jìn)行的承包地確權(quán)頒證工作許多方面還不夠完善，如有的地方承包地塊、面積、合同、證書(shū)沒(méi)有落實(shí)到戶，多數(shù)地方存在著承包地確權(quán)面積不準(zhǔn)、空間位置不明等問(wèn)題。變更登記沒(méi)有普遍開(kāi)展，農(nóng)戶實(shí)際承包地塊、面積與土地承包合同、土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)證書(shū)記載的信息不一致的問(wèn)題在許多地方都比較突出。因此，這一輪土地確權(quán)登記工作確實(shí)有諸多難點(diǎn)。針對(duì)各地已經(jīng)開(kāi)展土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)確權(quán)工作所暴露的問(wèn)題，為確保完成農(nóng)村土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)確權(quán)的順利開(kāi)展，應(yīng)從完善工作機(jī)制入手，解決確權(quán)中可能產(chǎn)生的矛盾糾紛。
　　農(nóng)地確權(quán)流轉(zhuǎn)后，農(nóng)村利益格局將發(fā)生巨大變化，必須關(guān)注那些處于弱勢(shì)地位農(nóng)戶的權(quán)益保障。要讓農(nóng)民直接參與土地流轉(zhuǎn)，不能以政府參與代替農(nóng)民參與。連片承包必須征得全體農(nóng)民的一致同意，流轉(zhuǎn)的價(jià)格要讓農(nóng)民和用地者商議。要嚴(yán)格監(jiān)管農(nóng)村富豪對(duì)農(nóng)民土地資源的兼并。在農(nóng)村自治規(guī)則不夠完善的情況下，村委、黨支部容易被有錢(qián)人、大家族把持，加之一些村干部與開(kāi)發(fā)商暗地勾結(jié)，農(nóng)村土地可能在確權(quán)登記后的流轉(zhuǎn)中不斷集中，使少數(shù)人得利，農(nóng)民權(quán)益受損。因此，政府應(yīng)為弱勢(shì)群體提供更多的社會(huì)保障，防止農(nóng)村貧富兩極分化加劇。