生物肥料的種類較多，按照制品中特定的微生物種類可分為細(xì)菌肥料、放線菌肥料、真菌類肥料；按其作用機(jī)理分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、硅酸鹽菌類肥；按其制品內(nèi)所含分為單一的微生物肥料和復(fù)合微生物肥料。復(fù)合微生物肥料又有菌、均符合，也有菌和各種添加劑復(fù)合的。

我國目前市場上出現(xiàn)的品種主要有：固氮菌類肥料、根瘤菌類肥料、解磷微生物肥料、硅酸鹽細(xì)菌肥料、光合細(xì)菌肥料、芽孢桿菌制劑分解作物秸稈制劑、微生物生長調(diào)節(jié)劑類、復(fù)合微生物肥料類、與PGPR類聯(lián)合使用的制劑以及AM菌根真菌肥料、抗生菌5406肥料等。

按生物肥料的功能，可將其分為以下幾類。
1.具有固氮能力的生物肥料。這類生物肥料中以固氮微生物為主，通過其中固氮的作用，將空氣中的N2還原為可被作物吸收利用的NH3。固氮生物肥料不及共生固氮菌的效率高。但共生固氮有寄主專一性，故一定的根瘤菌不受這些因素的限制，相對來說，其生產(chǎn)和使用很方便，自生固氮菌的種類很多，期間的生態(tài)差異很大，有好氣性、厭氣性的、兼厭氣性的，也有光合固氮細(xì)菌，還有與植物的關(guān)系較密切，具有一定程度專一性的聯(lián)合孤單細(xì)菌。利用生物固氮作用，不僅大大節(jié)約了工業(yè)能用，也減少了氮肥生產(chǎn)和使用中對環(huán)境的污染，并使氮素的利用效率提高。

2.分解有機(jī)物的生物肥料。只利用微生物分解土壤中有機(jī)物質(zhì)，并提供作物養(yǎng)分的生物肥料。此類肥料如有機(jī)磷細(xì)菌肥料、綜合細(xì)菌肥料等，但目前的有機(jī)磷農(nóng)藥殘留物分解，從而達(dá)到凈化土壤的作用。

3.分解難容礦物的生物肥料。只利用微生物對土壤中難容礦物的分解作用，為作物生長提供養(yǎng)分的生物肥料。此類生物肥料在20世紀(jì)80年代中期、后期應(yīng)用較多，如歸屬銨鹽細(xì)菌肥料，無機(jī)磷細(xì)菌肥料。這些微生物可分解土壤黃總某些原生、次生礦物，并同時將這些礦物所固定的養(yǎng)分釋放出來。但由于此類微生物對環(huán)境較敏感，加之土壤礦物類型復(fù)雜等原因，故其表現(xiàn)時好時壞，這也是導(dǎo)致其目前應(yīng)用較少的重要原因。

4.抗病、刺激作物生長的生物肥料。指利用某些微生物的代謝產(chǎn)物對作物生長具有刺激作用的生物肥料，如“5406”菌肥、G4放線菌制劑等。他們除刺激作物的生長發(fā)育外，還具有一定的提高作物抗病能力等效果，但由于對提高土壤養(yǎng)分等方面的作用相對不大，使其應(yīng)用范圍受到限制，故目前應(yīng)用不多