微生物肥料是靠微生物的活動(dòng)發(fā)揮增產(chǎn)作用的，其有效性取決于優(yōu)良菌種、優(yōu)質(zhì)菌劑和有效的使用方法。

微生物肥料必須選用質(zhì)量合格的。質(zhì)量低劣、過(guò)期的不能使用。微生物肥料必須保存在低溫（最適宜溫度4-10℃）、陰涼、通風(fēng)避光處，以免失效。

微生物肥料合理使用原則是：第一，要保證微生物肥料有足夠數(shù)量的有效微生物；第二，要?jiǎng)?chuàng)造適合有益微生物生長(zhǎng)的環(huán)境條件。微生物肥料必須正確使用，盡量減少微生物的死亡。微生物肥料要求避免陽(yáng)光直射；拌種時(shí)加水要適量，使種子完全吸附；拌種后要及時(shí)播種，以免種皮上微生物大量死亡。微生物肥料不可與有害的農(nóng)藥、化肥混合使用。

適宜的土壤環(huán)境和營(yíng)養(yǎng)條件是使微生物肥料中有益微生物大量繁殖與發(fā)揮作用的重要條件。土壤環(huán)境包括pH、水分、通氣性、溫度，營(yíng)養(yǎng)條件包括能源及各種養(yǎng)分。磷肥在中低肥力水平的土壤中施用效果較好。

一般微生物肥料最適宜的土壤pH為6.6--7.5.酸性土壤中微生物肥料效果較差，要施用石灰、草木灰、鈣鎂磷肥等，以加強(qiáng)微生物肥活動(dòng)。

微生物生長(zhǎng)需要足夠的水分。水分不足會(huì)影響微生物的正常生長(zhǎng)，水分過(guò)多、通氣不良，會(huì)影響好氧性微生物的生長(zhǎng)。因此必須及時(shí)排灌，保持適量水分。

作微生物肥料的微生物大多數(shù)是好氧性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細(xì)菌等，要求土壤疏松，通氣良好，施用微生物肥料必須配合改良土壤和合理耕作。

微生物生長(zhǎng)要適宜的溫度。過(guò)高、過(guò)低的溫度都會(huì)影響他們的正常生長(zhǎng)，甚至導(dǎo)致死亡。

微生物活動(dòng)需要消耗能量。有機(jī)質(zhì)是微生物的主要能源，有機(jī)質(zhì)分解還能供應(yīng)微生物養(yǎng)分。因此，施用微生物肥料必須配合施用有機(jī)肥料。

微生物生長(zhǎng)需要多種養(yǎng)分，必須供應(yīng)充足的速效氮磷鉀及微量元素。例如豆科作物生長(zhǎng)的早期必須供應(yīng)適量的氮素，以促進(jìn)作物生長(zhǎng)和根瘤的發(fā)育、提高固氮量。施磷肥能發(fā)揮“以磷增氮”的作用。適量的鉀鈣營(yíng)養(yǎng)有利于微生物的大量繁殖。鉬肥可以提高固氮效率。因此，微生物肥料必須與氮磷鉀及微量元素等化學(xué)肥料配合施用。