磷肥中常含有不等量的副成分，如磷肥中常常含有氟、鎘以及其它重金屬元素、有毒有害化合物以及放射性物質(zhì)，長期施用會(huì)在土壤中累積，這些物質(zhì)在農(nóng)業(yè)環(huán)境中的積累、遷移，有可能對環(huán)境帶來危害，造成土壤污染；同時(shí)磷肥生產(chǎn)過程中，部分有毒、有害物質(zhì)進(jìn)入磷肥產(chǎn)品，也通過施用也進(jìn)入土壤。隨著大量地使用磷肥，我國累積施入農(nóng)田的磷肥有7880.9*104t（P2O5），其中大約6000*104t（P2O5）積累在土壤中。農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)中磷素盈余使得土壤中的總磷和有效磷的水平不斷上升。磷肥的過量施用增加了對環(huán)境污染的風(fēng)險(xiǎn)。土壤中磷徑流、淋溶對水環(huán)境產(chǎn)生影響。隨磷肥施入土壤的重金屬對土壤環(huán)境產(chǎn)生了明顯的影響，化肥磷肥的施用對土壤生態(tài)環(huán)境的影響不容忽視。長期施用磷肥可隱去土壤中重金屬的污染，使這些重金屬元素在作物種的含量較高。影響了農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，增加了對人畜健康危害的可能性。

磷肥含有多種痕量元素組分，有些屬于有毒、有害元素，因這些元素在土壤中不能為微生物降解，移動(dòng)性和淋失量較小，在種植作物時(shí)逐漸向耕層集中，長期施用在土壤中累積，造成土壤污染，通過農(nóng)作物和動(dòng)物產(chǎn)品進(jìn)入食物鏈危害人類健康。

大量使用磷肥，含磷化合物的施用與排放嚴(yán)重破壞了磷的自然循環(huán)和社會(huì)代謝，造成環(huán)境污染，其中水圈與生物圈受磷的影響最為明顯。磷對水體富營養(yǎng)化作用起關(guān)鍵作用因素。我國主要河流和海域的水質(zhì)情況不容樂觀，如珠江廣州河段、長江、黃河、渤海和東海等水體中總磷污染均已嚴(yán)重超過國家標(biāo)準(zhǔn)。在我國自然水體的各種污染物中，磷污染已排名榜首。我國主要湖泊處于因磷污染而導(dǎo)致富營養(yǎng)化的占湖泊的56%。其中，磷是導(dǎo)致水體富營養(yǎng)化的主要控制因子。水體富營養(yǎng)化會(huì)造成水總藻類等水生生物大量地生長繁殖，水體中有機(jī)物積累，破壞水生生態(tài)平衡，造成水體感官性能變差、自凈能力減弱、水質(zhì)下降、供水成本提高和湖泊沼澤化，影響食物鏈，使人類、動(dòng)物、家蓄等中毒死亡等。減少磷對環(huán)境影響的途徑：1，科學(xué)制定磷肥用量，特別是控制磷肥不適當(dāng)?shù)母哂昧浚?，磷肥必須施入土中并和土壤均勻混合；盡量提高磷肥利用率，減少累積；3，磷肥與腐植酸合理結(jié)合利用。