煙草施肥中氮肥形態(tài)是一個最有爭議的問題。一些研究表明，煙草施用高比例的硝態(tài)氮肥優(yōu)于高比例的銨態(tài)氮肥，其依據(jù)是：硝態(tài)氮有利于煙草體內糖類物質的積累，可改善煙草的燃燒性；煙草大量吸收銨態(tài)氮會影響鈣鎂鉀等陽離子的吸收，在淋溶作用較強、陽離子代換量較低的土壤上，往往會誘發(fā)煙草出現(xiàn)上述元素的缺素癥狀，影響煙葉品質；硝態(tài)氮施用后也易被煙株吸收，肥效短，有利于煙草后期快速落黃。而另一些研究得到相反的結果，并認為銨態(tài)氮肥能促進煙草中芳香族回答油的形成，增加煙葉香味；銨態(tài)氮肥不易淋溶損失；在缺鉀土壤條件下可促進鉀的釋放。還有結果表明，煙草施用銨態(tài)氮和硝態(tài)氮無明顯差異。但國內多數(shù)研究結果認為，二者配合施用的效果優(yōu)于單獨使用，其中兩者的相對比例因各地氣候條件土壤類型不同而異，在降雨較多的地區(qū)和質地較輕的土壤上，銨態(tài)氮肥的比例可占到50%-75%。

煙草雖為忌氯作物，但生產商含氯肥料并非絕對禁用在不同煙區(qū)應區(qū)別對待。北方煙區(qū)，土壤中氯的本低值較高，因此應限制氯化鉀、氯化銨等含氯肥料的施用；而在南方煙區(qū)，由于雨量充沛，土壤中氯的含量較低，有的地區(qū)甚至缺氯，可適量分配一些含氯的肥料。

煙草能否施用有機肥也是一個有爭議的問題。一些研究認為，煙草有機肥與無機肥配合施用可協(xié)調煙株的碳氮代謝，避免單施無機氮時引起的氮代謝過旺，有利于煙草香吃味物質的合成。而另一些研究卻認為煙草施用有機肥對煙葉質量有不利的影響，其一舉是：有機肥的成分復雜，特別是厥肥、堆肥含有較高的氯，影響煙草的品質。但是有機肥來源廣，可緩解化肥供應不足的矛盾，在我國大多數(shù)煙區(qū)，仍普遍施用。為降低有機肥的不利影響，生產上有機肥在施用前一定要充分腐熟，或提前施用，以有利于肥效的盡早發(fā)揮。此外有機肥在施用前最好在戶外與過磷酸鈣堆積6個月到1年，以使大部分的氯流失掉和促進有機肥的腐熟。