1.光合作用

光合細菌的光合作用與綠色植物和藻類的光合作用機制有所不同，綠色植物和藻類的光合作用一般是將二氧化碳轉化為葡萄糖并釋放出氧氣，光合細菌一般沒有氧氣產生，有時會產生氫氣。大部分光合細菌還能以厭氣的硫還原菌所產生的硫化氫，二氧化碳為營養(yǎng)源進行光合生長。光合細菌在自然水域的厭氣層和好氣層都發(fā)生碳素循環(huán)，在厭氣層中光合細菌除參與碳素循環(huán)外，還參與硫循環(huán)。

2.固氮功能

大多數(shù)光合細菌具有固氮酶，當PSB與異養(yǎng)細菌共培養(yǎng)時，它能利用異養(yǎng)細菌分泌的丙酮酸，在有氧條件下固定大氣中的氮。

3.提高植物抗病性和消除有害自由基，促進植株生長

光合細菌含有抗病毒因子，在光合及黑暗條件下均有鈍化病毒，阻止病原菌滋生。Psb能對危害卷心菜的鐮刀菌能產生胞溶作用，減輕他們對植物的危害。PSB還能氧化或分解土壤中的硫化氫和胺等有毒物質，對土壤起著一定的解毒作物。PSB通過促進土壤放線菌的大量增殖，有利于減少或抑制土壤病原菌發(fā)生，保護了作物免遭病害。

4.對殺蟲劑的降解作用。

通過用不同濃度的光合細菌對殺蟲劑作棚菜農藥殘留試驗表明，隨著噴施復合光合細菌濃度的增加，棚菜殘留農藥被講解的效果越來越好。復合光合細菌在生長過程中能夠講解和利用化肥和農藥，產生有用物質及分泌物成為各自或相互生長的營養(yǎng)和原料，應用光合細菌技術可達到講解農藥殘留。

5.在防治病蟲害方面的應用

光合細菌能促進土壤中固氮菌，放線菌，根瘤菌，細菌的生長，抑制絲狀真菌的生長。放線菌的增多有利于土壤中抗菌素和激素類物質的增加，對各種病害起一定的抑制作用，減少病害發(fā)生。大面積使用光合細菌，有效地分解土壤中有害物質，在種植范圍內形成穩(wěn)定的光譜，利用害蟲的趨光性，在一定程度上遏制害蟲的危害。

6.進行水產禽畜養(yǎng)殖

光合細菌是一種營養(yǎng)豐富，營養(yǎng)價值高細菌，菌體含有豐富的氮基酸，葉酸，B族維生素，尤其是維生素B和生物素含量較高，還有生理活性物質輔酶Q。光合細菌的體積為小球藻的1/20，特別是適合作物剛孵出仔魚的開口餌料。