1、與綠肥混用
　　使用時(shí)，每畝綠肥用量拌25kg的5406菌肥，同時(shí)，配合施用石灰?？捎猛侠瓩C(jī)將綠肥耙勻切碎，幾天后，5406菌即可大量繁殖。在旱地作物施用時(shí)，若把綠肥與5406抗生菌耐肥混用，穴埋或者翻犁，都可得到良好的增產(chǎn)效果。在100kg堆制的菌肥中加入5kg過(guò)磷酸鈣覆蓋在旱田作物種子上，產(chǎn)量也能明顯增加。
2、與廄肥混用
　　該方法特別適用于對(duì)土質(zhì)不利5406繁殖而生育期又較長(zhǎng)的作物。因?yàn)閹仕B(yǎng)分豐富，能供給5406菌生長(zhǎng)發(fā)育所需養(yǎng)分，有助于加強(qiáng)菌肥作用效果，促進(jìn)微生物活動(dòng)，增加土壤養(yǎng)分。

3、浸種、拌種
　　將菌肥加少量水，用手搓化，然后加水2倍調(diào)勻。再加入種子，充分翻拌，浸泡12h使水全部被籽粒吸收后即可播種，取出攤晾至半干播種，可使小麥增產(chǎn)8%-40%。5406抗生菌肥肥效持久，但是，來(lái)的比較慢，最適合作基肥施用。最好的使用方法是通過(guò)浸種后再作基肥使用。若果土壤較為干旱，最好在陰天或下雨前用作拌種，然后在種肥上蓋一薄層細(xì)土，若施后遇干旱，應(yīng)潑水潤(rùn)土。

4、催芽
　　麥種20kg，細(xì)肥泥10-15kg，糖2kg，鈣鎂磷肥2kg，5406孢子粉0.5-1kg。用水浸麥種12-24h后，再與上述原料拌合在一起，邊拌邊灑水，以手捏成團(tuán)，觸之能散為原則，以10-400px的厚度堆放在能保溫保濕的場(chǎng)地上，經(jīng)24h后，麥子大部分露白就可播種。水稻施用5406時(shí)，最好是先將水稻進(jìn)行拌種、催芽然后作為追肥施用。事實(shí)證明，若以菌肥拌合少量土雜肥施用，半個(gè)月后即見效果，增產(chǎn)效果十分明顯。