一．理論研究薄弱

目前很多研究?jī)H僅停留在增產(chǎn)原因分析，菌株分離和大田試驗(yàn)方面，對(duì)于真正涉及復(fù)合微生物肥料及產(chǎn)品中微生物本身等機(jī)理問題缺乏了解，研究深度不夠，復(fù)合微生物肥料大面積推廣應(yīng)用的理論基礎(chǔ)薄弱，操作技術(shù)不夠規(guī)范。

二．產(chǎn)品質(zhì)量有待提高

復(fù)合微生物肥料質(zhì)量問題是制約復(fù)合微生物肥料行業(yè)的健康發(fā)展的一個(gè)不可低估的重要因素。復(fù)合微生物肥料是農(nóng)業(yè)生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)，技術(shù)較為專業(yè)，科技含量較高。同時(shí)，復(fù)合微生物肥料行業(yè)是典型的微生物發(fā)小行業(yè)，設(shè)備投資龐大。菌劑生產(chǎn)采用深層好氣發(fā)酵，需要相應(yīng)的制冷和供熱設(shè)備才能保證生長(zhǎng)的順利進(jìn)行。

我國(guó)的微生物肥料生產(chǎn)經(jīng)歷了一個(gè)較長(zhǎng)的發(fā)展階段，特別是在改革開放后已有較快的發(fā)展，但市場(chǎng)仍然沒有孕育而成，依然是肥料系列中的一個(gè)小品種。農(nóng)民對(duì)復(fù)合微生物肥料缺乏相應(yīng)的了解和認(rèn)識(shí)，復(fù)合微生物肥料尚有很大的市場(chǎng)開發(fā)潛力。

三．市場(chǎng)管理混亂

十幾年來我國(guó)復(fù)合微生物肥料市場(chǎng)較亂，沒有從國(guó)家的角度進(jìn)行管理和質(zhì)量監(jiān)督，長(zhǎng)期未制定出國(guó)家后行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，主要問題包括：一是這個(gè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)與微生物肥料產(chǎn)品的多種類較不適應(yīng)；二是產(chǎn)品質(zhì)量得不到控制，一些有問題后質(zhì)量不合格的產(chǎn)品堂而皇之地進(jìn)入市場(chǎng)，從國(guó)外引入的一些復(fù)合微生物肥料產(chǎn)品許多未經(jīng)批準(zhǔn)，即在國(guó)內(nèi)生產(chǎn)，推廣，銷售。

四．有些菌種不適用或退化

目前菌種生產(chǎn)存在兩大問題，一是有些企業(yè)的生產(chǎn)菌種不適合應(yīng)用，其效果不夠穩(wěn)定。二是菌種退化。菌肥生產(chǎn)的技術(shù)主要是細(xì)菌肥料，而細(xì)菌的自發(fā)突變性往往會(huì)使細(xì)菌的生產(chǎn)性能減弱，加之有很多優(yōu)良基因易于丟失。一種好的復(fù)合微生物肥料產(chǎn)品，生產(chǎn)菌種肯定是優(yōu)良的，但得到一株適合于工業(yè)生產(chǎn)要求的菌種并不是一勞永逸的，需要在生產(chǎn)過程中不斷地進(jìn)行菌株的提純復(fù)壯和篩選，以保證生產(chǎn)除符合要求的復(fù)合微生物肥料。

菌株的提純復(fù)壯和篩選是一項(xiàng)技術(shù)性強(qiáng)，工作量大，周期長(zhǎng)的工作，一般生產(chǎn)企業(yè)不具備條件。