一．生長(zhǎng)素

現(xiàn)已證實(shí)。80%的根際細(xì)菌能產(chǎn)生生長(zhǎng)素（IAA）。IAA通過(guò)與質(zhì)膜上質(zhì)子泵結(jié)合使之活化，通過(guò)改變細(xì)胞內(nèi)環(huán)境導(dǎo)致細(xì)胞壁溶解并使可塑性增加以增大細(xì)胞體積和促進(jìn)RNA，蛋白質(zhì)的合成，增加細(xì)胞體積和質(zhì)量以達(dá)到促進(jìn)生長(zhǎng)的作用。同時(shí)IAA可以使色氨酸類(lèi)似物解毒，減輕其毒害作用。微生物肥料產(chǎn)生IAA提供給植物有3種方式：IAA基因直接整合到植物細(xì)胞染色體上，在植物細(xì)胞調(diào)控下合成IAA，如土壤桿菌；細(xì)菌侵入植物細(xì)胞，在細(xì)胞內(nèi)分泌IAA供植物生長(zhǎng)；細(xì)菌在宿主植物的根際生活，合成IAA供植物利用。

二．細(xì)胞分裂素

細(xì)胞分裂素可虛假細(xì)胞分裂和細(xì)胞體積增大，并抑制衰老。

三．赤霉素

它是赤霉屬中一類(lèi)菌的代謝產(chǎn)物，其作用主要是促進(jìn)地下部莖葉，側(cè)芽的生長(zhǎng)，打破種子休眠，并誘導(dǎo)開(kāi)花。微生物肥料能產(chǎn)生赤霉素，有報(bào)道認(rèn)為某些細(xì)菌肥料能產(chǎn)生赤霉素。

四．乙烯和脫落酸

乙烯的各種生理作用同高度濃度的生長(zhǎng)素作用類(lèi)似。盡管大多數(shù)微生物都產(chǎn)生乙烯，氮微生物中乙烯的合成代謝卻復(fù)雜多樣。

五．寡糖

寡糖在植物體內(nèi)及微生物間的相互作用中發(fā)揮重要作用，來(lái)源于植物和病原體細(xì)胞壁的寡聚糖均具有激發(fā)植物抗性反應(yīng)的活性，可作為激發(fā)子誘導(dǎo)植物細(xì)胞發(fā)生抗性反應(yīng)，寡聚糖信號(hào)被植物細(xì)胞識(shí)別以后，可迅速引起質(zhì)膜去極化，離子通道開(kāi)放，細(xì)胞培養(yǎng)基堿化等瞬間反應(yīng)。

微生物自身在繁殖過(guò)程中產(chǎn)生大量糖類(lèi)物質(zhì)。各種微生物肥料用過(guò)自身三羧酸循環(huán)中產(chǎn)生的許多有機(jī)酸除了有螯合作用和酸溶作用外，其本身就是一種生理活性物質(zhì)，可促進(jìn)作物生長(zhǎng)。微生物在生長(zhǎng)過(guò)程中還會(huì)分泌一些核酸類(lèi)物質(zhì)。有研究認(rèn)為核酸降解物可促進(jìn)根系對(duì)磷鉀的吸收，還可增強(qiáng)植物的光合作用。