目前，隨著微生物工業(yè)原料的轉(zhuǎn)換和新產(chǎn)品的不斷出現(xiàn)，勢必要求開拓更多的新品種，盡管微生物工業(yè)用的菌種多種多樣，但作為大規(guī)模生產(chǎn)，對菌種側(cè)有下列要求:原料廉價(jià)、生長迅速、目的產(chǎn)物產(chǎn)量高；易于控制培養(yǎng)條件，酶活性高，發(fā)酵周期較短；抗雜菌和噬菌體的能力強(qiáng)；菌種遺傳性能穩(wěn)定，不易變異和退化，不產(chǎn)生任何有害的生物活性物質(zhì)和毒素，保證安全生產(chǎn)。微生物的資源非常豐富，廣泛分布于土壤、水和空氣中，尤以土壤中最對，有的微生物從自然界中分離出來就能被利用，有的需求對分離到的野生菌株進(jìn)行人工誘變，得到突變株才能被利用，當(dāng)前發(fā)酵工業(yè)所用的菌種總趨勢是從野生菌抓向突變菌，自然選育轉(zhuǎn)向代謝育種，從誘發(fā)基因突變轉(zhuǎn)向基因重組的定向育種。由于發(fā)酵工程本身的發(fā)展以及基因工程的介入，藻類、病毒等也正在逐步地變?yōu)楣I(yè)生產(chǎn)用的微生物。盡管如此，目前人們對微生物的認(rèn)識(shí)還是十分不夠。已經(jīng)初步研究的不超過自然界微生物總量的10%左右，微生物的代謝產(chǎn)物據(jù)統(tǒng)計(jì)已超過一千三百多種，而大規(guī)模生產(chǎn)的不超過一百多種；微生物酶有近千種，而工業(yè)利用的不過四五十種?？梢姖摿κ呛艽蟮摹?/p>

微生物的特點(diǎn)是種類多，分布廣；生長迅速，繁殖速度快；代謝能力強(qiáng)；適應(yīng)性強(qiáng)，容易培養(yǎng)。工業(yè)生產(chǎn)中，也可根據(jù)微生物的特點(diǎn)選擇適宜的微生物。

1. 一個(gè)菌種不是純的群體，而是有一些變異株混合組成，這些變異株所占的比例決定該菌種的特性。一個(gè)由單菌落發(fā)育而來的菌種在固體培養(yǎng)基上分離，可以長出許多種形態(tài)培養(yǎng)特征的菌落。這些不同的菌落類型在代謝和生產(chǎn)繁殖速度等方面有一定差異。培養(yǎng)條件可以影響各變異影響個(gè)變異株在培養(yǎng)物中的比例而改變改菌種的特性。同一個(gè)菌種的單孢子分離在不同的培養(yǎng)基上，所生長出的單菌落，其形態(tài)培養(yǎng)特征顯著差異，各種類型菌落所占的比例也不同。在開始菌種選育工作時(shí)，要研究單菌落的分離培養(yǎng)基，找出能呈現(xiàn)加多菌落類型的分離培養(yǎng)基。菌落類型和發(fā)酵產(chǎn)量之間存在著某種程度的相關(guān)性。在選中實(shí)踐中，人們經(jīng)過對菌落形態(tài)的考察，有意識(shí)地丟棄一些被認(rèn)為是低產(chǎn)的菌落，挑選哪些可能是高產(chǎn)的菌落。

2. 菌種培養(yǎng)基可通過影響菌種的生理狀況而影響發(fā)酵產(chǎn)量。菌種培養(yǎng)基營養(yǎng)過于豐富不利于孢子形成。因而影響發(fā)酵。菌種培養(yǎng)基營養(yǎng)貧乏也同樣不利于發(fā)酵。因?yàn)榫N在營養(yǎng)貧乏的培養(yǎng)基中多次代傳。會(huì)使菌體細(xì)胞內(nèi)缺乏某些生長因子而衰老甚至死亡。因此，自然選育或菌種培養(yǎng)所用的培養(yǎng)基應(yīng)選擇具有菌種傳代生產(chǎn)能力下降不明顯、菌體不易衰老和姿容的正常形態(tài)菌落、孢子豐富的培養(yǎng)基。

3. 在某些培養(yǎng)條件下，菌體的某些基因處于活化狀態(tài)或阻遏狀態(tài)，而使菌種的生理狀態(tài)改變。這種改變可能以類似于生理性遲延或細(xì)胞分化的機(jī)制保持較長一段時(shí)間。