一、復合肥企業(yè)稅賦增加
　　復合肥生產(chǎn)企業(yè)無論大小，基本都是盈利的，企業(yè)進項稅普遍小于銷項稅（不考慮固定資產(chǎn)投資的抵扣），也就是說開征增值稅，必然會增加復合肥生產(chǎn)企業(yè)的稅賦。
　　二、大、小企業(yè)價格差距或進一步拉大
　　復合肥銷售的下游客戶以小規(guī)模納稅人為主，并不需要進項抵扣（要不要發(fā)票無所謂）。對財務(wù)不規(guī)范的小型復合肥企業(yè)來說，在銷項大于進項稅額的情況下，完全可以通過銷售不開票的方式，降低增值稅的納稅額。對大企業(yè)來說，財務(wù)很健全，不可能有兩本賬，即使下游不要發(fā)票，也會按正常的價格正常開票，造成納稅額要大大高于小企業(yè)，從而拉大大小企業(yè)間價格的差距。
　　三、對新產(chǎn)品的推廣有所抑制
　　增值稅是對“增值”部分征稅。復合肥新產(chǎn)品的定價高，利潤高，增值大，推廣中大量采用會議營銷等推廣手段，很多環(huán)節(jié)很難確保取得增值稅進項發(fā)票用于抵扣，造成新產(chǎn)品的納稅額大大提高。在企業(yè)保持增值稅開征之前同樣利潤的情況下，新產(chǎn)品的價格就會進一步提高，拉大同傳統(tǒng)產(chǎn)品間的價格差距，從而抑制新產(chǎn)品的推廣。
　　四、單質(zhì)肥銷量或?qū)⑻嵘?
　　開征增值稅后，復合肥的納稅額將大大高于單質(zhì)肥，使得復合肥進一步喪失對單質(zhì)肥的價格優(yōu)勢，可能會促成更多的農(nóng)民寧愿犧牲復合肥的方便性而選擇便宜的單質(zhì)肥。
　　化肥開征增值稅影響深遠，具體如何影響市場，還有待進一步觀察。