按作用機類
　　1、狹義的微生物肥料：指通過微生物的生命活動增加植物營養(yǎng)元素的活性和供應(yīng)量，進(jìn)而增加產(chǎn)量，即含有肥料特性的微生物制劑，這類產(chǎn)品雖不具有養(yǎng)分，但卻有肥料的功能。
　　2、廣義的微生物肥料：該種微生物肥料略有或沒有養(yǎng)分供應(yīng)功能，但卻有其他功效，如刺激植物生長或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，這類微生物肥料更應(yīng)該稱為“微生物制劑”而不是肥料，但現(xiàn)都統(tǒng)稱為微生物肥料，在農(nóng)業(yè)部統(tǒng)一登記備案。
　　按微生物種類劃分
　　細(xì)菌肥料：如固氮細(xì)菌肥料、溶磷細(xì)菌肥料、解鉀細(xì)菌肥料。
　　真菌肥料：該類肥料包括外生菌根菌劑和內(nèi)生菌根菌劑兩種類型，如叢枝菌根、菌根菌劑、蘭科菌根菌劑。
　　放線菌肥料：如抗生素菌肥；
　　藻類肥料：如固氮藍(lán)藻等。
　　按功能不同分類
　　根據(jù)功能不同又可分為：
　　溶磷微生物肥料、解鉀微生物肥料、有機質(zhì)分解微生物肥料等，如豆科植物接種劑和土壤磷素活化劑等。同一類功能的微生物肥料也可以是不同微生物種類的肥料，如溶磷菌肥，既可以是細(xì)菌肥料也可以是真菌肥料，因為同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的現(xiàn)象在微生物肥料界非常普遍。
　　按含有微生物種類的多少劃分
　　分為單一微生物或復(fù)合微生物肥料等。
　　單一微生物肥料：只含有一種微生物作用的肥料。
　　復(fù)合微生物肥料：即多種微生物通過一定比例混合在一起所形成的微生物制劑。
　　微生物+有機肥=生物有機肥
　　微生物+化肥=生物復(fù)混肥
　　微生物+有機肥+化肥=生物有機無機復(fù)合（復(fù)混）肥
　　農(nóng)業(yè)部登記的微生物肥料種類
　　目前農(nóng)業(yè)部登記的微生物肥料產(chǎn)品共有：
　　9個菌劑類品種：根瘤菌劑、固氮菌劑、溶磷菌劑、硅酸鹽菌劑、菌根菌劑、光合菌劑、有機物料腐熟劑、復(fù)合菌劑和土壤修復(fù)菌劑。
　　2個菌肥類品種：復(fù)合生物肥料和生物有機肥料。在劑型上分為液體和固體，固體又分為粉末和顆粒等。
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