肥料登記管理這項旨在規(guī)范行業(yè)、服務“三農(nóng)”的制度，近十幾年都飽受爭議。
　　2001年初，國內(nèi)許多復混肥企業(yè)就對農(nóng)業(yè)部根據(jù)這一《肥料登記管理辦法》要求復混肥生產(chǎn)企業(yè)辦理登記而紛紛向有關協(xié)會、部門反映情況。復混肥企業(yè)深感該《辦法》的不合理性，不僅造成市場流通混亂、企業(yè)負擔加重，而且助長了地方保護主義，不利于化肥生產(chǎn)流通體制的改革。對此，復混肥企業(yè)紛紛強烈要求農(nóng)業(yè)部盡快修改對復混肥進行登記管理的規(guī)定。
　　2001年8月，在《辦法》執(zhí)行一年多的時候，中國磷肥工業(yè)協(xié)會以內(nèi)參的形式向有關部委、領導反映，《辦法》存在著法規(guī)制度的不嚴密性、實施過程中的不可操作性，加重了企業(yè)負擔，影響了企業(yè)生產(chǎn)和產(chǎn)品營銷，增加了復混肥成本，不利于減輕農(nóng)民負擔，并建議盡快修改《辦法》。
　　2004年7月1日隨著《中華人民共和國行政許可法》的頒布實施，隨著國家這一“大法”的出臺，農(nóng)業(yè)部關于肥料登記的“小法”再次成為關注焦點，取消《辦法》的呼聲也越來越高。
　　2009年，反對聲、建議聲、取消的呼聲伴隨著《辦法》一路走來，而且聲音越來越大。由于國內(nèi)許多復混肥企業(yè)一直對實行復混肥生產(chǎn)企業(yè)辦理登記收費不滿，反對聲從未間斷。這一年，中國磷肥工業(yè)協(xié)會再次向有關部門建議取消《辦法》。協(xié)會認為“肥料登記”的核心其實就是收費，很難做到公平、公正。在肥料登記制度實行以來，《辦法》的初衷并沒有實現(xiàn)，市場上假、冒、偽、劣產(chǎn)品并未減少。相反，企業(yè)與“多頭執(zhí)法”、“層層交費”的劇烈矛盾不斷增加，而在利益轉(zhuǎn)移的鏈條中，農(nóng)民沒有得到任何好處。為了中國化肥產(chǎn)業(yè)穩(wěn)健發(fā)展，更為了中國農(nóng)業(yè)增產(chǎn)，農(nóng)民持續(xù)增收，因而有關人士再次建議取消《辦法》。
　　十幾年后，河北省的破冰之舉令很多曾經(jīng)參與過肥料登記制度討論的相關人士感嘆萬千?，F(xiàn)任中國磷肥工業(yè)協(xié)會名譽理事長的武希彥當時就曾反對過此辦法的實施。他表示，磷肥工業(yè)協(xié)會堅決反對肥料登記制度，這為很多企業(yè)帶來負擔：第一，產(chǎn)品有國家建立的強制標準；第二，生產(chǎn)企業(yè)有國家相關部門頒發(fā)的生產(chǎn)許可證，而且登記辦法完全違背了國家推廣“測土配方”的大方向和“大配方小調(diào)整”的原則，差一個含量就要重新登記的辦法，導致很多企業(yè)需要登記上百個配方品種，多花錢不說，還耗費大量的時間和精力?，F(xiàn)在企業(yè)的規(guī)模越來越大，所涉及的省份地區(qū)、植物品種、土壤結(jié)構(gòu)不同，還需要調(diào)整大量的配方，如此一來企業(yè)更是頭疼，所以說河北省的做法是對的。