一，對(duì)水質(zhì)要求較高。水中的懸浮物等容易造成微噴頭的堵塞，因此為避免微噴灌系統(tǒng)的堵塞和保持作物葉面干凈，必須對(duì)灌溉水進(jìn)行過濾，特別是采用硬質(zhì)水源時(shí)，一定要對(duì)水源進(jìn)行嚴(yán)格的精華過濾甚至軟化處理后才能使用。

二，田間微噴灌易收到雜草、作物莖稈的阻擋而影響噴灑質(zhì)量。

三，灌水均勻度受風(fēng)影響較大。在大于3級(jí)風(fēng)的情況下，微噴水滴容易被風(fēng)吹走，灌水均勻度降低，一般不宜進(jìn)行灌水。因而微噴頭的安裝高度再滿足灌水要求的情況下要盡可能低一些，以減少風(fēng)對(duì)噴灑的影響。

四，一次性投資較大。微噴灌系統(tǒng)屬于加壓灌溉系統(tǒng)的一種，它的使用設(shè)計(jì)動(dòng)力系統(tǒng)，加上在田間需要大量的管材等，一次性投資相對(duì)較高。

五，有可能增加作物病害。對(duì)于處于相對(duì)封閉環(huán)境的溫室、大棚生產(chǎn)而言，完全依靠微噴灌進(jìn)行灌溉，有可能使溫室、大棚中的濕度過高，若管理不善，有可能會(huì)增加作物的病害。