微生物肥料中最重要的品種之一是根瘤菌肥料，用于豆科作物接種，是使豆科作物截瘤、固氮的接種。產(chǎn)品分類:按形態(tài)不同，分為液體根瘤菌肥料和固體根瘤菌肥料。以寄主種類不同，菜豆根瘤菌肥料、大豆根瘤菌肥料、花生根瘤菌肥料，紫云英根瘤菌肥料和沙打旺根瘤菌肥料等。用根瘤菌屬或慢生根根瘤菌屬的菌株制造。用于生產(chǎn)根瘤菌肥料的菌種系屬于根瘤菌肥料、慢生根瘤菌屬、固氮根瘤菌屬、中慢根瘤菌屬等各屬中的不同的根瘤菌種，這些菌種必須是經(jīng)過鑒定的菌株，或有2年多點田間試驗獲得顯著增產(chǎn)的菌株，該菌種必須在菌肥生長前經(jīng)無氮營養(yǎng)液盆栽接種試驗鑒定，截瘤固氮性能優(yōu)良，接種植株干重比對照顯著增加。根瘤菌肥料也是采用液體通氣發(fā)酵法進行生長。固體菌劑最為常用，它是載體吸附發(fā)酵液制成的。常用的載體是草炭。

根瘤菌肥料的作用機理:施用后，其中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在其跟上形成根瘤，生活在根瘤里的根瘤菌類菌體利用豆科植物宿主提供的能量將空氣的氮分子轉(zhuǎn)化成氨，進而轉(zhuǎn)化成谷氨酸類植物能吸收的幼稚氨素，滿足豆科植物對氮元素的需求。它和豆科植物共生，進行生物固氮。地球根瘤菌與豆科植物的年共生固氮量約為5500萬噸，約占整個生物固氮量的三分之一。超過了全世界合成氮的年產(chǎn)量，在生物固氮中占有重要的地位。

根瘤菌是指能與豆科植物共生，形成根瘤，并進行生物固氮的一類桿狀細菌。與相應(yīng)的豆科植物共生固氮的根瘤菌很多，迄今為止已有100余種，主要分布在根瘤菌屬、慢生根瘤菌屬、中華根瘤菌屬、固氮根瘤菌屬和中慢生根瘤菌屬內(nèi)。根瘤中的根瘤菌初為桿狀，它通過豆科植物的根毛，從土壤侵入根內(nèi)，形成根瘤。豆科植物為根瘤含菌組織，提供生活和固氮作用所必須的能量和礦物營養(yǎng);這就是根瘤菌的公司固氮作用。因為各種根瘤菌一般有它的植物上截瘤固氮。但這種專性感染也非絕對，它們之間的交叉感染，甚至與非豆科植物的感染，仍然存在，這對根瘤菌的使用意義更大。隨著根瘤發(fā)育、體積增大，形狀有變?yōu)榘魻畹?，T形的和Y形的等，其可為叫做類菌體或假菌體，可以固氮。

另外，根瘤菌、放線菌和藍細菌還能非豆科植物形成根瘤，并在其中進行固氮。自然界中除了根瘤細菌和豆科植物的共生固氮作用外，還有一些木本雙子葉植物的根系上也能形成根瘤，它們也能固氮，但根瘤內(nèi)共生的并非是根瘤細菌而使共生固氮放線菌，既非豆科植物的共生固氮弗蘭克菌。它們同樣具有固定空氣中氮素的能力，有一些的固氮能力比大豆根瘤菌還高。弗蘭克菌是異類中啊喲的固氮資源菌。像微生物的營養(yǎng)來源、拮抗微生物的存活、土壤水分、土壤水分、土壤類型、土壤養(yǎng)分、同類微生物的競爭等，這對根瘤菌肥料尤為重要。