中草藥的藥性不同，藥效的部位不同，所以中草藥要根據(jù)“藥性”施肥，以免影響其藥效。

近年來的一些研究表明，單獨多用有機肥也不完全適合于各種藥材植物，如人糞尿用在人參和西洋參上容易抑制須根的發(fā)育；在黃芪上全部施有機肥的效果不如施專用復合肥的效果好。

專家指出，中草藥施肥，不僅要考慮提高藥材產量，同時應注重提高中草藥的藥效。為了獲得較高的藥材量和足夠的藥效，必須針對藥用器官特性在施肥上有所區(qū)別；要在有機肥的基礎上施用適量的化肥，二者配合施用才有助于產出和藥效的綜合提高。

化肥的施用原則為：謹慎施用化學氮肥，重視配施化學磷鉀肥，巧施中微量元素肥料。

過量施氮肥會導致中草藥藥性降低或者徒長、爛根。以花和果為藥用器官的中草藥植物，要注重配施磷鉀肥；以根和鱗莖為藥用器官的中草藥植物，要特別注意鉀肥的施用。

根據(jù)近代藥物化學的研究表明，藥物作用的有效成分大都是一些體內次生代謝產物，為了這些成分的產出和作用效果，在施肥供應上不僅要保證大量元素還需要微量元素的參與。但很少量的微量元素肥料通過土壤施用時，必須先和大量有機肥摻混后才可施得均勻。當微量元素肥料直接噴施時，一定要把握肥液的適當濃度和施用次數(shù)，這樣才有預期的效果。