一是感病嚴(yán)重的棉籽?？菸?、黃萎病是制約棉花產(chǎn)量的頑癥，棉籽又是病菌的載體。因此，枯萎病、黃萎病嚴(yán)重地區(qū)的棉種，最好不要自留種。

　　二是伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生長發(fā)育不良，成熟度差，鈴重輕，種子發(fā)芽率低，長勢脆弱，不宜留做種用。

　　三是剝桃花的棉籽。有些棉農(nóng)對發(fā)育較為充分的伏桃，仍然有搶墑剝花的陋習(xí)。凡剝桃花的棉籽，由于沒有充分成熟，更沒有完成后熟作用，絕對不能留做種用。

　　四是噴施了乙烯利的棉籽。噴施乙烯利可促使棉花早熟3-4天，但對棉籽損傷較大，致使其發(fā)育不全，不能做種。

　　五是退化嚴(yán)重的品種。棉花是異交作物，多年不更換的棉種純度只有70%-80%，品質(zhì)退化嚴(yán)重，不宜留種。

　　六是與農(nóng)藥、化肥一起存放的棉籽。有些農(nóng)戶將棉籽與農(nóng)藥、化肥長期同室存放，由于農(nóng)藥、化肥散發(fā)的有毒氣體可損傷棉籽正常的生理，造成發(fā)芽率銳減，所以一不宜留種。

　　七是儲存年代過久的棉籽。在無低溫冷藏設(shè)備的情況下，棉種的壽命與儲存年代呈負(fù)面增長。

　　八是水泥曬場上曬過的棉籽。在水泥曬場上曬含水量較高的棉籽，由于呼吸強度旺盛，造成棉種生理機能失調(diào)，部分棉籽形成啞籽，失去發(fā)芽能力。

　　九是機械損傷過重的棉籽。精加工的包衣棉種中，機械損傷率應(yīng)控制在2%以內(nèi)。破籽率超過2%以上的棉籽，受藥物浸染過重，對發(fā)芽率影響很大，破籽率過高就不宜做種用。