土壤中存在的有益微生物包括：

1.固氮菌群。

氮氣是空氣中的主要成分，占空氣總量的4/5。然而由于氮氣分子被三條“繩索”——化學鍵所束縛，因此大部分植物只能“望氮興嘆”。固氮菌的本領在于它有一把“神刀”——固氮酶(含有鐵、鈷、鉬)，可以輕易地切斷束縛氮分子的化學鍵，把氮分子變?yōu)槟鼙恢参锵?、吸收的氮原子?/span>

2.硝酸菌群。

硝化細菌是一種好氧性細菌，包括亞硝酸菌和硝酸菌，生活在有氧的水中或砂層中，在氮循環(huán)水質凈化過程中扮演著很重要的角色，可轉化有毒氨氣為硝酸態(tài)氮，供植物吸收。

3.光合成菌。

光合成菌在淹水缺氧的條件下可利用硫化氫、二氧化碳、水及日光或熱能，將其轉化成單醣類及硫酸根，其中的硫酸根能與氨合成為硫酸氨，成為植物的養(yǎng)分，同時產(chǎn)生葡萄糖，又使硫化氫、氨氣的毒性從泥水中消失。

4.溶磷鉀菌群(巨大芽孢、膠凍樣芽孢)。

大多數(shù)土壤本身含有大量鉀，但相當一部分的被固定，在整個生長季中對植物有效的比例不大。土壤中鉀素以三種形態(tài)存在：無效態(tài)、緩效態(tài)和有效態(tài)。施入解鉀菌肥可以將土壤中的緩效鉀溶解出來，增加土壤中鉀(K)元素的來源。而磷肥施入土壤后，非常容易與土壤中的正離子(鈣、鐵、鋁、鎂等)結合，形成不溶性的磷化合物，如磷酸鈣、磷酸鐵、磷酸鋁等，且磷素在土壤中的移動性較差，不易流失而常在農(nóng)田中累積。溶磷菌會分泌有機酸類等物質，溶解土壤中作物不易吸收的鈣磷化合物、鐵磷化合物及鋁磷化合物，促使土壤無效磷的溶解及利用。

5.放線菌群。

說起放線菌，就要提到一些抗生素，最常見的比如人用頭孢霉素、螺旋霉素、慶大霉素、利福霉素、鏈霉素等，生產(chǎn)抗生素的主角就是功勛赫赫的放線菌。

6.枯草桿菌群。

枯草桿菌群是芽孢桿菌屬的一種，可以利用菌體自身合成化糖酶、蛋白酶、脂肪酶、核酸酶等酶類，供給植物養(yǎng)分，也可以激活植物的天然防御機制，使植物免受病原物危害，并且在發(fā)酵過程中殺滅發(fā)酵物中的病蟲卵。

7.乳酸菌群。

乳酸菌群可加速土壤有機物的分解，使有效養(yǎng)分含量明顯增加，具有改良土壤、提高肥力、抑制有害微生物生存與繁殖、減輕并逐步消除土傳病蟲害和連作障礙、抑制與消除雜草生長、增強植物代謝功能、提高光合作用、改善農(nóng)產(chǎn)品品質等效果。

8.酵母菌群。

酵母菌群是一些單細胞真菌，能在其他細菌增殖的同時提供重要的給養(yǎng)保障。同時，酵母菌產(chǎn)生的糖類形成乳酸。乳酸具有殺菌作用，能抑制有害微生物活動、致病菌增殖和無機物腐敗，并能使木質和纖維素有機物發(fā)酵分解，有利于動植物吸收。

9.生長菌群。

土壤中存在許多可促進植物生長的植物根圈微生物，可誘導植物產(chǎn)生抗性基因，有助于植物增產(chǎn)，改善對化學肥料的依賴。