首先，土壤微生物可以形成土壤結(jié)構(gòu)。土壤并不是單純的土壤顆粒和肥料的簡單結(jié)合，作為土壤的活躍組成成分,土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機(jī)酸等有助于土壤粒子形成大的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，最終形成真正意義上的土壤。土壤微生物的區(qū)系組成、生物量及其生命活動對土壤的形成和發(fā)育有密切關(guān)系。

其次，土壤微生物最顯著的成效就是分解有機(jī)質(zhì)，比如作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機(jī)肥料等，只有經(jīng)過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養(yǎng)元素，供作物利用，并形成腐殖質(zhì)，改善土壤的結(jié)構(gòu)和耕性。

然后，土壤微生物還可以分解礦物質(zhì)，土壤微生物的代謝產(chǎn)物能促進(jìn)土壤中難溶性物質(zhì)的溶解。例如磷細(xì)菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細(xì)菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。這些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工廠，將土壤中的礦質(zhì)肥料加工成作物可以吸收利用的形態(tài)。

另外，微生物還有固氮作用，氮?dú)庹伎諝饨M成的4/5，但植物不能直接利用，微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮?dú)廪D(zhuǎn)化為植物能夠利用的固定態(tài)氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當(dāng)于土壤有了自己的氮肥生產(chǎn)車間了。