菌根是真菌與植物的共生聯(lián)合體。根據(jù)形態(tài)結(jié)構(gòu)菌根可分為：

1，外生菌根，菌絲在幼根表面生長，根表有一結(jié)實(shí)的菌鞘，皮層僅細(xì)胞間有菌絲；

2，外內(nèi)生菌根，外形與外生菌根一樣，但皮層細(xì)胞內(nèi)外部有菌絲；

3，內(nèi)生菌根，根的四周有意松散的菌絲網(wǎng)，進(jìn)到皮層后菌絲繼續(xù)生長進(jìn)入細(xì)胞，但不進(jìn)入中柱。

菌根真菌的原始體大量存在于土壤中，以厚垣孢子度過不良環(huán)境。環(huán)境適宜時(shí)萌發(fā)，菌絲與新根的表皮接觸形成“附著孢”，從表皮的膨大處進(jìn)入根內(nèi)，浸如根內(nèi)的菌絲并不影響根細(xì)胞活動(dòng)。同農(nóng)業(yè)生長關(guān)系密切的主要是內(nèi)生菌根，內(nèi)生菌根分兩類，有隔菌絲的內(nèi)生菌根和無隔菌絲的內(nèi)生菌根。后者又稱為藻菌菌根，人們根據(jù)它在根內(nèi)形成大量球形泡囊和叢枝狀的結(jié)構(gòu)稱它為泡囊一叢枝菌根，簡稱VA菌根。近十多年來VA菌根的研究頗受重視。

VA菌根是由內(nèi)囊毒可真菌中多數(shù)屬、種形成的一種泡囊一叢枝狀的菌根，這類真菌在土壤內(nèi)生真菌中宿主和分布范圍最廣。VA菌根的菌絲長而密，在土壤中可伸長至幾厘米的區(qū)域，幫助根系吸收水分和養(yǎng)分，其中最主要的是磷，也吸收其他礦質(zhì)養(yǎng)分。

VA菌根還能使寄主體內(nèi)含有較高濃度的吲哚乙酸和細(xì)胞分裂素等生長激素。菌根菌表面有磷酸酯酶，能水解有機(jī)磷化物。VA菌根還能促進(jìn)作物吸收鋅、銅等養(yǎng)分。時(shí)間證明，有菌根的植株能慈康移栽時(shí)的不利條件，能減輕過量鋁、錳或鹽漬等的毒害。大量菌絲體的存在有助于形成團(tuán)聚體，改善土壤結(jié)構(gòu)。

目前，有關(guān)菌根菌的應(yīng)用還有些技術(shù)問題沒有解決，特別是VA真菌還不能在人工條件下離體培養(yǎng)，不能快速生長出大量廉價(jià)的菌根菌菌種。還需要篩選出菌根菌、寄主一一對(duì)應(yīng)的高效菌株；確定菌根菌接種的最適田間條件。因此，菌根菌在農(nóng)業(yè)生長中的應(yīng)用，仍處于試驗(yàn)階段。但它在前途是廣闊的，未來的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中很可能與根瘤菌一樣實(shí)行大面積的人工接種，在充分利用土壤肥力、改善土壤結(jié)構(gòu) 等方面起著重要作用，特別是豆科植物與根瘤菌配合，將進(jìn)一步提高固氮能力。