在固氮菌、磷細菌、鉀細菌等菌劑中加入4%的蜜糖、2%的麩皮可顯著提高產品的保存期。在同等條件下，固氮菌的保存期可提高在12個月以上，磷細菌的保存期可提高1倍以上；在以未滅菌的草炭作載體的微生物制劑中，同時添加4%蜜糖、2%的麩皮及2‰----4‰苯甲酸鈉、0.5‰--1‰的多茸靈，與對照相比，產品的保存期可提高50%以上。

粉粒狀菌肥產品的儲存形式與規(guī)模、物料特性及產品本身狀態(tài) 等有關。通?？煞譃樯顑Υ婧桶b儲存兩種形式。微生物肥料固體菌劑包裝材料用聚乙烯薄膜袋包裝，外用紙箱包裝。液體菌劑小包裝用玻璃質疫苗瓶或塑料瓶，外包裝紙箱。顆粒苗及用編織袋內襯塑料薄膜袋包裝，袋口需密封牢固。

包裝箱（袋）上應印有產品名稱、商標、標準號、生產許可證號、生產廠名、廠址、生產日標、標準號、有效細菌含量、研制、生產單位、產品性能及使用說明。生產出來的微生物肥料應在避光、滋陰、低溫的環(huán)境下保存，包裝上保證菌肥袋子完好無損，在倉庫中用隔板架起來，防治受潮。保證不受熱，不受潮，陰涼干燥通風，此外，微生物肥料不能與農藥、化肥混存，不能使其發(fā)霉變質。