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微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產(chǎn)物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。
微生物肥料還有一些其它肥料沒有的特殊作用：
1.提高化肥利用率的作用
微生物肥料在解決化肥利用率低方面有獨到的作用。根據(jù)中國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
2.在綠色食品生產(chǎn)中的作用
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，全球都在積極發(fā)展綠色農(nóng)業(yè)（生態(tài)有機農(nóng)業(yè)），生產(chǎn)安全、無公害的綠色食品。近年來，中國開始使用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染，而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質。
3.微生物肥料在環(huán)保中的作用
利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾及農(nóng)牧業(yè)廢棄物而制成微生物肥料是一條經(jīng)濟可行的有效途徑。目前已應用的主要是兩種方法：
（1）將大量的城市生活垃圾作為原料經(jīng)處理由工廠直接加工成微生物有機復合肥料。
（2）工廠生產(chǎn)特制微生物肥料（菌種劑）供應堆肥廠（場），再對各種農(nóng)牧業(yè)物料進行堆制，以加快其發(fā)酵過程，縮短堆肥的周期，同時還提高堆肥質量及成熟度。
4.改良土壤作用
微生物肥料中有益微生物能產(chǎn)生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，有利于提高土壤肥力。