目前，我國(guó)登記的微生物肥料有三類，即生物有機(jī)肥、農(nóng)用微生物菌劑和復(fù)合微生物肥料。
生物有機(jī)肥是由特定功能微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來(lái)源并經(jīng)無(wú)害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。特點(diǎn)是在優(yōu)質(zhì)的有機(jī)肥（腐熟后）中，再添加功能微生物，有粉劑和顆粒兩種劑型。
農(nóng)用微生物菌劑是由一種或一種以上的功能微生物（有效活菌）經(jīng)工業(yè)化生產(chǎn)增殖后直接使用，或經(jīng)濃縮或經(jīng)載體吸附而制成的活菌制品。特點(diǎn)是菌數(shù)高，用量少，有液體、粉劑和顆粒三種劑型。
復(fù)合微生物是指目的微生物經(jīng)工業(yè)化生產(chǎn)增殖后與營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)（氮磷鉀等）復(fù)合而成的活菌制品。特點(diǎn)是含有功能菌、氮磷鉀養(yǎng)分和有機(jī)載體組成，平衡肥料的速效與長(zhǎng)效供給需求，有液體、粉劑和顆粒三種劑型。
