一是施用磷肥過量，會使作物從土壤中吸收過多的磷素營養(yǎng)，過多的磷素營養(yǎng)會促使作物呼吸作用過于旺盛，消耗的干物質大于積累的干物質，造成繁殖器官提前發(fā)育，引起作物過早成熟，籽粒小，產(chǎn)量低。
二是誘發(fā)土壤缺鋅。過量施用磷酸鈣后，會使土壤里的鋅與過量的磷作用，產(chǎn)生磷酸鋅沉淀，作物無法吸收，使作物出現(xiàn)明顯缺鋅癥狀；過量施用鈣鎂磷肥等堿性磷肥后，會使土壤堿化，使鋅的有效性降低，影響作物對鋅的吸收。
三是過量施磷會使作物得磷失硅。過量施用磷肥后，還會造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特別是對喜硅的禾本科作物的影響更大。
四是過量施磷會使作物得磷缺鉬。適量施用磷肥，會促成作物對鉬的吸收，但過量施用磷肥，卻會使磷和鉬失去營養(yǎng)平衡，影響作物對鉬的吸收，表現(xiàn)出“缺鉬癥”。
五是造成土壤中有害元素積累。磷肥主要來源于磷礦石，磷礦石中含有許多雜質。其中包括鎘、鉛、氟等有害元素。而且施用磷肥會引起土壤中鎘的增加，其年增長量分別為0.15％和0.08％，且這種鎘有效性高，易為作物吸收，給人畜造成危害。
六是過量施磷肥會造成土壤理化性質惡化。過磷酸鈣含有大量的游離酸，連續(xù)大量施用，會造成土壤酸化。鈣鎂磷肥含有25%-30%的石灰。大量施用會使土壤堿性加重和理化性質惡化。
