能迅速形成大量菌體和代謝產(chǎn)物。這些代謝產(chǎn)物可被植物直接吸收，用于其生長(zhǎng)并形成許多風(fēng)味物質(zhì)。有的還能在風(fēng)化土的成土過(guò)程中發(fā)揮作用，使土壤具有保水、保氣、保肥、保溫的功能。這些以有機(jī)物為食的微生物在食物的微生物的在攝取有機(jī)物過(guò)程中，也會(huì)將有機(jī)物分解成小分子的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，便于植物吸收。這些小分子有機(jī)物還有利于風(fēng)化土壤的成土過(guò)程，增加土壤肥力和保水、保氣、保肥、保溫功能，從而大大改良農(nóng)田的土壤質(zhì)量。

施入土壤的微生物可以分解土壤有機(jī)質(zhì)，分泌一些代謝產(chǎn)物，如有機(jī)酸、多糖等，可以增加無(wú)機(jī)礦物質(zhì)的溶解度，供植物吸收。這些物質(zhì)可以活化磷、微量元素等。在固定肥料中施入土壤供植物吸收，如鉀細(xì)菌和磷細(xì)菌。具有固氮功能的微生物可以利用空氣中的氮?dú)夂铣赊r(nóng)作物所需的氨，供農(nóng)作物合成氨基酸和含氮生物活性物質(zhì)，從而合成蛋白質(zhì)、代謝調(diào)節(jié)物和各種營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)。

微生物肥料應(yīng)用于農(nóng)田的作用是多方面的。由于使用微生物肥料，微生物大量繁殖，影響和限制了病原微生物的繁殖。長(zhǎng)期連續(xù)使用微生物肥料可以減少農(nóng)田病害。一些微生物肥料中的細(xì)菌可以分泌抗菌物質(zhì)，控制病原微生物的生長(zhǎng)，減少農(nóng)田病害，節(jié)約農(nóng)藥的使用成本。

微生物是土壤中活躍的成分。它們主要依靠土壤有機(jī)質(zhì)作為生存的食物，做增加土壤肥力的工作。如果沒(méi)有微生物，只給土壤增加有機(jī)質(zhì)，土壤肥力無(wú)法提高。巖石粉末形成土壤，土壤中沒(méi)有水、有機(jī)物和微生物，不能形成肥沃的土壤?；哪耐恋厝狈λ?、有機(jī)物和微生物。缺乏有機(jī)物和微生物的沙漠即使下雨也不能含水，落在沙漠里的雨水很快被蒸發(fā)和滲漏。在沙漠里種草種樹(shù)也很難生存。

肥沃的黑土地上長(zhǎng)期使用化肥，不使用有機(jī)肥，甚至焚燒有機(jī)秸稈使其無(wú)機(jī)化。因此，同時(shí)施用有機(jī)肥和微生物肥料有利于養(yǎng)地培肥土壤。