在土壤中，微生物存在著共生、互生、捕食的關(guān)系。土壤微生物之間的相互作用是保證土壤生態(tài)系統(tǒng)穩(wěn)定的重要因素之一。在自然生態(tài)系統(tǒng)中不同土壤微生物作用共同完成了對(duì)自然界中凋落物的分解,促進(jìn)自然系統(tǒng)的物質(zhì)循環(huán)和能量流動(dòng)的進(jìn)行。此外,在土壤中存在著大量的有益微生物菌群,如根際促生菌(PGPR),這些根際促生菌能使土壤的保持良好的健康情況,減少了病源微生物對(duì)植物根際破壞。

土壤微生物之間存在拮抗作用，土壤中的細(xì)菌產(chǎn)生物質(zhì)對(duì)土壤內(nèi)的真菌的生長(zhǎng)繁殖起到抑制作用。放線菌類(Actinomyces)可分泌各種不同的抗生素，假球菌類(Pseudomonas)可分泌各種不同的抑病物質(zhì)。乳酸菌(Lactobacillus)、酵母菌類(Saccharomyces)、木徽菌(Trichoderma)等等，都有抑病物質(zhì)的分泌，只要能好好把握這些拮抗微生物培養(yǎng)于耕地中，它們就會(huì)無(wú)時(shí)無(wú)刻地分泌各種抑病物質(zhì)來(lái)壓制病蟲(chóng)害的滋長(zhǎng)，自然農(nóng)藥的需求量也將隨之下降。

一、土壤微生物之間的關(guān)系

土壤有益微生物的種類越多越好，就象人類社會(huì)中需要各種人物一樣以相輔相成協(xié)力合作的方式生活在一起，才能使每個(gè)人的特殊才能發(fā)揮出來(lái)。例如多糖類(米，麥，高梁)，麥菌利用其能量而分解為單糖，這些用過(guò)的產(chǎn)物(單糖)，又成為酵母菌的食物，酵母菌分解利用過(guò)的單糖，被轉(zhuǎn)化為酒精而遺棄，但這些酒精則又適合醋酸菌的需要，它又被醋酸菌利用之后，終被轉(zhuǎn)為醋酸。酵母菌發(fā)酵時(shí)，產(chǎn)生的廢氣(二氧化碳)又為光合成菌取用為制造葡萄糖的原料。微生物群如此相輔相成的生活在一起，因此施用微生物時(shí)，單一菌種的施用，其效果遠(yuǎn)不如綜合微生物群的施用。

二、有益微生物與植物之間的共生關(guān)系

傳統(tǒng)想法中，根的功用是植物體定著基點(diǎn)，同時(shí)用以吸收無(wú)機(jī)養(yǎng)分及水分的器官。這一種傳統(tǒng)的想法，對(duì)現(xiàn)今面臨永續(xù)性地力的困難問(wèn)題，則提不出充分合理的說(shuō)明來(lái)。為什么植物所需的水分，無(wú)機(jī)肥充分供應(yīng)之后，植物仍舊不能茂盛地成長(zhǎng)?為什么根部不能完全地吸收這些養(yǎng)成分?為什么病原菌，病蟲(chóng)害會(huì)茲生繁衍而不可收拾?

現(xiàn)代科學(xué)己確認(rèn)植物生理與微生物間不可離的共生關(guān)系。植物根部分泌物質(zhì)來(lái)供應(yīng)微生物的需要，同時(shí)微生物也生產(chǎn)各種不同物質(zhì)來(lái)回饋植物體，兩者實(shí)際上是共生的伙伴。要使植物生長(zhǎng)茂盛，除了水分，養(yǎng)分之外，足夠的土壤微生物也是最重要的必要前提。

植物體包括根，莖，葉，花，果實(shí)，事實(shí)上它整體的表面穿著一件微生物的外衣。在土壤中根的表面周圍約五厘米的范圍內(nèi)，重重地圍繞著高密度的微生物，稱之為“根圈菌”。

植物排出其特有的分泌物來(lái)吸引無(wú)數(shù)的根圈菌微生物于其周圍，使得根部周圍的微生物密度遠(yuǎn)超出非根部的土壤區(qū)域，生活于根圈的微生物也泌出各種有機(jī)物，包括氨基酸，低分子糖類，低分核酸，生長(zhǎng)激素及各種酵素等，這些有機(jī)物質(zhì)對(duì)植物生長(zhǎng)，生殖等生理作用有顯著的效果，對(duì)農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)與量提升貢獻(xiàn)很大。其他更有微生物侵入根部組織，在根胞內(nèi)繁殖，這類稱為菌根菌，但它不能破壞根部組織，卻更能與根部細(xì)胞交換物質(zhì)，共存共榮，促使根部活力，吸收力的增強(qiáng)，有利于植物健全的生長(zhǎng)與自然抗病力的加強(qiáng)。在植物體表面也附著無(wú)數(shù)的微生物，這一些微生物的存在，不但能使植株強(qiáng)壯，更能保護(hù)植物，減少病害。要達(dá)到有機(jī)農(nóng)法“減農(nóng)藥”“減化肥”的目標(biāo)，就定奪于有益微生物在耕地上的培養(yǎng)之成功與否。

土壤微生物之間大多數(shù)存在著半共生關(guān)系,即“一種自然界中的生態(tài)相互依賴的關(guān)系,一種生物體因?yàn)楦淖兤渲車淖匀画h(huán)境,就為其后來(lái)的另一種生物體的生長(zhǎng)創(chuàng)造了有利的條件”。在自然界中植物凋落物分解的過(guò)程中不同土壤微生物相互協(xié)作共同完成對(duì)自然界凋落物的分解。在分解過(guò)程中土壤微生物都會(huì)具有一個(gè)演變的過(guò)程：真菌在凋落物分解過(guò)程開(kāi)始階段占有更加重要地位,分解凋落物中存在的新鮮物質(zhì),而細(xì)菌在分解的最后階段占重要地位來(lái)完成凋落物分解的最后幾步和礦質(zhì)化的過(guò)程。