作為個體雖小，但種類多、繁殖快、數(shù)量多的原核單細(xì)胞生物，細(xì)菌的分布可謂廣泛，在土壤中，細(xì)菌在土壤微生物總數(shù)量的70%~90%。

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土壤中的細(xì)菌大部分都要依賴分解有機(jī)物質(zhì)以獲取營養(yǎng)和能量，屬于腐生細(xì)菌。如氨化細(xì)菌、纖維分解細(xì)菌、磷細(xì)菌等。

有些屬于化能自養(yǎng)細(xì)菌，靠氧化無機(jī)化合物取得能量。如硫細(xì)菌、硝化細(xì)菌、鐵細(xì)菌等。

有能與植物共生的共生細(xì)菌，如共生固氮細(xì)菌、內(nèi)生菌根真菌、外生菌根細(xì)菌等。

還有光能自養(yǎng)細(xì)菌，能靠吸收光能生存，如藍(lán)細(xì)菌等，靠體內(nèi)色素吸收光能。

另外，有研究表明，長期施肥會影響細(xì)菌的多樣性、群落結(jié)構(gòu)及數(shù)量等。