生物肥料的種類(lèi)很多，按其制品中特定的微生物種類(lèi)分為細(xì)菌肥料、放線(xiàn)菌肥料、真菌類(lèi)肥料、固氮藍(lán)藻肥料等。根據(jù)其作用不同，生物肥料可分為五大類(lèi)。
（1）有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮藍(lán)藻等。
（2）分解土壤有機(jī)物的菌肥。包括有機(jī)磷細(xì)菌肥料和復(fù)合細(xì)菌肥料。
（3）分解土壤中難溶性礦物的菌肥。包括硅酸鹽細(xì)菌肥料、無(wú)機(jī)磷細(xì)菌肥料等。
（4）促進(jìn)作物對(duì)土壤養(yǎng)分利用的菌肥。包括菌根菌肥料等。
（5）抗病及刺激作物生長(zhǎng)的菌肥。包括抗生菌肥、增產(chǎn)菌肥等。