1、耕作層變淺。農田由于長期的機械耕作碾壓和人工作業(yè)，使大部分農田土壤耕層變淺，有效活土層在15公分左右，加之降雨、灌水沉實，“犁底層”上移加厚，形成了堅硬深厚的阻隔層，阻礙了土壤水分、養(yǎng)分和空氣的上下運行，阻礙了作物根系下扎延伸，土壤蓄水能力越來越少，抗旱性能不斷下降。

2、土壤有機質含量降低。農田長期不施用農家肥，秸稈還田很少進行，中國傳統(tǒng)農業(yè)精髓的種植綠肥也不搞了，土壤有機質長期得不到補充。再加上化學氮肥超量施用，加劇了土壤碳的耗竭。致土壤有機質含量嚴重不足。土壤有機質減少會引發(fā)一系列土壤問題，土壤酸化和次生鹽堿化，土壤結構破壞，土壤肥力低下，土傳病害加劇等。

3、土壤結構破壞、板結嚴重。由于土壤缺乏有機肥補充，以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加劇了土壤團粒結構的破壞，致使土壤板結越來越嚴重，直接影響到土壤的自然活力和自我調節(jié)能力。

4、土壤趨于酸化。土壤酸化主要是由于過量使用化學氮肥和生理酸性肥料，導致土壤中酸性物質增加，使土壤酸化。土壤酸化會引起土壤養(yǎng)分流失，土壤有害重金屬活化，土壤有害微生物特別是寄生真菌增加，加速土壤貧瘠化和土傳病害發(fā)生。

5、土壤次生鹽堿化。由于長期過量使用化學肥料，使土壤中的鹽分不斷積累，尤其是硝酸鹽積累更甚。這些鹽分聚集到地表，形成土壤表層次生鹽堿化，輕則影響種子發(fā)芽出苗，阻礙養(yǎng)分吸收，作物生長不良，重則造成生理干旱，營養(yǎng)吸收障礙，土壤結構破壞，再甚者可導致鹽害、死亡，永久失去農業(yè)利用價值。

6、土壤氮磷鉀元素營養(yǎng)比例失調，中、微量元素嚴重缺乏。在日常管理中絕大多數(shù)農民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥，致鉀素匱乏，長期不施中微量元素肥料，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷鉀比例失調，大量元素與中微量元素之間的營養(yǎng)比例失調。

7、農田土壤污染。過量使用化肥、農藥、農膜的殘留污染，未經處理的有機肥污染，以及連作和病蟲害病原物污染。這些污染物長期進入或殘留土壤之中，一旦超出土壤自凈化能力后就會“溢出”，直接造成農田土壤的污染。大量的污染物進入土壤后，首先會破壞土壤生態(tài)平衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤生物種群減少，土壤理化生物性質惡化，土壤活性下降、土壤功能變差，嚴重污染者會使土壤喪失生產能力，失去農業(yè)利用價值。

8、農作物連作造成的“土壤病”。在土壤中連續(xù)種植一種或同科作物，由于該作物所需要的中微量營養(yǎng)元素因連續(xù)被吸收而缺乏，也使相應的某些病菌得以連年繁殖，在土壤中大量積累，還有前茬作物根系的分泌物因累積成為有毒物質而形成病土。

9、土壤侵蝕。耕地土壤侵蝕主要表現(xiàn)有;水蝕、風蝕和耕蝕。主要是農民墾殖過度，很多山坡被墾做農田。尤其是坡度大于15度以上的坡地，年復一年的耕作，水土流失極為嚴重。其次是開墾后沒有實施保護性耕作，如坡改梯，水平溝耕作，植物籬保護等，而是隨意挖地耕翻，既造成耕蝕，又加劇了風蝕、水蝕。長期流失,必然導致土壤過沙,保水保肥能力降低。

10、設施農業(yè)土壤綜合障礙病。設施栽培是在全年封閉或季節(jié)封閉環(huán)境下，由于高度集約化、高復種指數(shù)、高肥料投入、高農藥用量、高強度高頻度人為干擾，過量施肥，土壤長期處于高溫高濕狀態(tài)，過量灌水，過度耕作與踐踏，在如此強烈的干擾和巨大壓力下，土壤健康急劇惡化。一般種植2-3年，就出現(xiàn)了土壤營養(yǎng)失衡、土壤酸化、土壤次生鹽堿化、土壤有害物質積累、土壤微生物種群多樣性和功能退化等一系列土壤病害。